Amazon Genomics CLI のセットアップ
本章では、Amazon Genomics CLIの初期設定を行います。
Account Activation
Amazon Genomics CLIのアカウントの有効化手順を行います。
cd ~/environment
agc account activate
上記コマンドにより、以下のような出力が得られます。これによって、ワークフロー実行をするための基盤となる、AWSベストプラクティスに従ったインフラストラクチャが、AWS Cloud Development Kit(CDK)によりデプロイされます。(3~5分ほど待機します。)
終了すると以下のような出力が確認できます。
Usernameの設定をします。以下のコマンドを実行してください。(you@youremail.comはご自身のメールアドレスに置き換えてください。なお、このメールアドレスに確認メールなどは届きませんので、実在しないメールアドレスでも設定可能です。<>は記入せずメールアドレスだけ入力してください)
agc configure email <you@youremail.com>
以下のような出力が得られます。
以上で、AWSクラウド上でゲノミクスワークフローを実行する基盤が整いました。 次の章からは、具体的な計算環境をデプロイし、ワークフローを実行していきます。