はじめに
このハンズオンでは、AWSにあまり触れたことのない方を対象に、Amazon Genomics CLIから数コマンドを入力するだけで、手軽にゲノム解析ワークフロー環境のデプロイ、実行が行えることを体験していただきます。 また、Amazon Genomics CLIが対応している種々のワークフロー言語の中でも特にNextflowについて、基礎となる書き方を学びます。
ハンズオンではまず、Amazon Genomics CLIが提供するNextflowのサンプルスクリプトの実行を通して、Amazon Genomics CLIの基本的な利用方法を学びます。次に、Nextflowによる簡易的なRNAseqワークフローの実行を通してワークフローを自分で作成する際のワークフローの書き方、および、Amazon Genomics CLIによる実行方法のイメージを深めます。また、結果をAmazon SageMakerで可視化することで、AWS上で解析計算から可視化まで行えることを確かめます。
Optionとして、nf-coreで一般公開されているRNAseqワークフローの実行手順を含みます。この手順を通して、高負荷ワークフローがAWS上にてスケールして実行可能なことを体感いただくことができます(こちらは長時間実行されるため、ハンズオンの講義時間外に実行が終了します)。
