ハンズオンの流れ

本ハンズオンの流れは以下のようになります。

まず、Amazon Genomics CLIを実行するための開発環境としてAWS Cloud9を作成し、Amazon Genomics CLIおよびNextflowをインストールします。 create-env

つづいて、Amazon Genomics CLIを利用して、AWSのベストプラクティスに基づいた、ワークフロー実行のための基盤となるインフラストラクチャをAWSクラウドの東京リージョンにデプロイします。 create-core-infra

さらに、計算環境となるContextを作成し、Context上に、Nextflowのワークフローを投入します。この際に投入するワークフローは次の3種類です。

  1. Amazon Genomics CLIが用意しているNextflowのHello Scriptの実行
  2. 簡易的なRNAseqワークフロー
  3. (Optional) nf-coreのRNAseqワークフロー

create-context-workflow

最後に、ワークフローの結果をAmazon SageMakerから確認することで、AWSクラウドに閉じた形で一連の解析が行えることを確認します。 create-sagemaker